Sterylizacja to zaledwie połowa cyklu. Poniżej opisano, co dzieje się po osiągnięciu temperatury 121°C oraz jakie funkcje chłodzenia mają kluczowe znaczenie dla danego rodzaju ładunku.
Cykl może zakończyć się zgodnie z harmonogramem, a mimo to część ładunku może nie zostać wysterylizowana — z zupełnie odmiennych przyczyn fizycznych w przypadku butelki z pożywką i worka z odpadami. Oto, co faktycznie dzieje się wewnątrz komory w każdym z tych przypadków oraz jak należy odpowiednio załadować urządzenie.
Zapakowany zestaw narzędzi może być w pełni sterylny, jednak wilgoć po wyjęciu z komory uniemożliwia jego użycie. Poniżej przedstawiono trzyetapowy system, który zapewnia, że ładunek jest sterylny, suchy i że proces można udokumentować.
Przed zakupem drugiego autoklawu należy zmierzyć czas trwania poszczególnych etapów własnych cykli, a następnie skupić się na usuwaniu powietrza i suszeniu, które są najczęściej pomijane przy modernizacji.