Drzwi komory są otwarte, a do komory wkłada się kosze wypełnione przedmiotami wymagającymi sterylizacji.

Autoklaw uruchamiany jest za pomocą komputera sterującego, który automatyzuje i nadzoruje proces sterylizacji. Najpierw otwierany jest zawór, umożliwiający dopływ wody do komory pod wpływem siły grawitacji. Gdy w komorze znajdzie się wystarczająca ilość wody, zawór zostaje zamknięty.

Autoklaw włącza grzałkę, podgrzewając wodę i wytwarzając parę. Otwiera się zawór wydechowy, a para wypycha powietrze z komory i kieruje je na zewnątrz przez zbiornik Ecofill.

Po całkowitym usunięciu powietrza z komory zawór wydechowy zostaje zamknięty. W miarę wytwarzania się kolejnych ilości pary nie ma ona gdzie się ulotnić, co powoduje wzrost ciśnienia w komorze. Rosnące ciśnienie pary wywiera nacisk na wodę, wymagając większej ilości energii cieplnej, aby cząsteczki wody mogły ulec odparowaniu i przekształcić się w parę. W miarę dalszego ogrzewania wody powstaje para o temperaturze powyżej 100°C. Gdy temperatura przekroczy 121°C, przedmioty znajdujące się w komorze zaczynają się sterylizować. W temperaturze 121°C sterylizacja trwa co najmniej 30 minut. W wyższych temperaturach sterylizacja przebiega szybciej.

Po zakończeniu sterylizacji otwierany jest zawór, a ciśnienie wytworzone przez parę w komorze wypycha wodę z powrotem do zbiornika Ecofill. Woda w komorze pozostaje gorąca, co wspiera kolejny proces sterylizacji. Proces ten odprowadza ciepło z komory, umożliwiając jej szybsze schłodzenie.

Parę pod ciśnieniem odprowadza się z wydechu przez zbiornik Ecofill, wychwytując wodę i ciepło.

Komora i jej zawartość ulegają ochłodzeniu. W miarę tego procesu ciśnienie w komorze spada, dostosowując się do warunków panujących na zewnątrz. Po wyrównaniu ciśnienia można otworzyć drzwi komory i wyjąć sterylizowane przedmioty.