Vrata komore se odprejo in v komoro se naložijo košare, polne predmetov, ki jih je treba sterilizirati.

Avtoklav se vklopi prek krmilnega računalnika, ki avtomatizira in nadzira postopek sterilizacije. Najprej se odpre ventil, ki omogoči, da voda pod vplivom gravitacije priteka v komoro. Ko je v komori dovolj vode, se ventil zapre.

Avtoklav vklopi grelnik, s čimer segreje vodo in ustvari paro. Odzračevalni ventil se odpre, para pa iztisne zrak iz komore in skozi odzračevalni ventil prek rezervoarja Ecofill.

Ko je ves zrak iztisnjen iz komore, se izpušni ventil zapre. Ker se ustvarja vedno več pare, ta nima kam oditi, zaradi česar se tlak v komori poveča. Naraščajoči tlak pare pritiska na vodo, kar zahteva več toplotne energije, da lahko vodne molekule ubežijo in se spremenijo v paro. Medtem ko se voda še naprej segreva, se pri temperaturah nad 100 °C ustvarja para. Ko temperatura preseže 121 °C, se predmeti v komori začnejo sterilizirati. Pri 121 °C je za sterilizacijo potrebnih najmanj 30 minut. Pri višjih temperaturah sterilizacija poteka hitreje.

Ko je sterilizacija končana, se odpre ventil, pritisk, ki ga ustvari para v komori, pa iztisne vodo iz komore nazaj v rezervoar Ecofill. Voda v komori je zdaj vroča in bo to toploto zadržala, da bo pomagala pri naslednjem sterilizacijskem postopku. To pomaga odvzeti toploto iz komore, kar omogoča hitrejše ohlajanje.

Par pod pritiskom se izpušča skozi izpušno odprtino prek rezervoarja Ecofill, pri čemer zajema vodo in toploto.

Komora in njena vsebina se ohladita. Medtem se tlak v komori zniža, da se izenači z zunanjim okoljem. Ko se tlak izenači, je mogoče odpreti vrata komore in odstraniti zdaj sterilne predmete.