Kammerdøren åbnes, og de genstande, der skal steriliseres, anbringes inde i kammeret. I dette eksempel er de genstande, der skal steriliseres, anbragt i Morrison-affaldsbeholdere. Når der er for lidt vand i dampgeneratoren, fyldes den automatisk op.

Vakuumpumpen suger luften ud af kammeret, hvilket skaber et lavere tryk i kammeret og frigør en del af den luft, der er fanget i de genstande, der skal steriliseres.

En ventil åbnes, og damp fra dampgeneratoren fylder kammeret, hvilket øger trykket i kammeret og frigør endnu mere af den luft, der er fanget i genstandene i kammeret.

Trykket i kammeret gennemgår gentagne cyklusser, hvor kammeret først tryksættes med damp, og derefter trykaflastes med vakuum. Dette komprimerer og udvider den luft, der er fanget i kammeret, og fortrænger den fra lommerne, indtil al luft er blevet erstattet af damp.

Dampgeneratoren fortsætter med at køre og tilføjer mere damp til autoklavekammeret. I takt med at der tilføres mere damp, stiger trykket og temperaturen. Når kammeret når 121 °C eller derover, påbegyndes steriliseringen af indholdet. Temperaturen opretholdes i et foruddefineret tidsrum for at sikre fuldstændig sterilisering.

Når steriliseringen er afsluttet, lukkes ventilen til dampgeneratoren, og kammeret afkøles. Efterhånden som temperaturen og trykket falder, kondenseres dampen til vand, som samler sig i bunden af kammeret. Når trykket er udlignet, tømmes vandet via en ventil, og kammerdøren kan åbnes sikkert.