Η πόρτα του θαλάμου ανοίγει και τα αντικείμενα που πρόκειται να αποστειρωθούν τοποθετούνται μέσα στον θάλαμο. Σε αυτό το παράδειγμα, τα αντικείμενα που αποστειρώνονται βρίσκονται μέσα σε δοχεία απόρριψης Morrison. Όταν ο ατμογεννήτρια έχει χαμηλή στάθμη νερού, αναπληρώνεται αυτόματα.

Η αντλία κενού απομακρύνει τον αέρα από τον θάλαμο, δημιουργώντας χαμηλότερη πίεση στο εσωτερικό του και απομακρύνοντας μέρος του αέρα που έχει παγιδευτεί μέσα στα αντικείμενα που απαιτούν αποστείρωση.

Μια βαλβίδα ανοίγει και ο ατμός από τον ατμογεννήτρια γεμίζει τον θάλαμο, αυξάνοντας την πίεση εντός του θαλάμου και απομακρύνοντας περισσότερο αέρα που έχει παγιδευτεί μέσα στα αντικείμενα του θαλάμου.

Η πίεση στον θάλαμο υποβάλλεται σε επαναλαμβανόμενους κύκλους συμπίεσης με ατμό και στη συνέχεια αποσυμπίεσης με κενό. Αυτό συμπιέζει και διαστέλλει τον αέρα που έχει παγιδευτεί στον θάλαμο, απομακρύνοντάς τον από τις κοιλότητες έως ότου όλος ο αέρας αντικατασταθεί από ατμό.

Ο ατμογεννήτρια συνεχίζει να λειτουργεί, προσθέτοντας περισσότερο ατμό στον θάλαμο του αυτόκλειστου. Καθώς προστίθεται περισσότερος ατμός, η πίεση και η θερμοκρασία αυξάνονται. Μόλις ο θάλαμος φτάσει τους 121°C ή υψηλότερη θερμοκρασία, ξεκινά η αποστείρωση του φορτίου. Η θερμοκρασία διατηρείται για ένα προκαθορισμένο χρονικό διάστημα, ώστε να εξασφαλιστεί η πλήρης αποστείρωση.

Μόλις ολοκληρωθεί η αποστείρωση, η βαλβίδα προς τον ατμογεννήτρια κλείνει και ο θάλαμος ψύχεται. Καθώς η θερμοκρασία και η πίεση μειώνονται, ο ατμός συμπυκνώνεται σε νερό, το οποίο συλλέγεται στο κάτω μέρος του θαλάμου. Όταν η πίεση εξισορροπηθεί, μια βαλβίδα αποστραγγίζει το νερό και η πόρτα του θαλάμου μπορεί να ανοίξει με ασφάλεια.